Το Γενικό Εκκλησιαστικό Λύκειο-Γυμνάσιο Φλώρινας λειτουργεί υπό την αιγίδα της Διεύθυνσης της Δευτεροβάθμιας Εκκλησιαστικής Εκπαίδευσης του Υπουργείου Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων. Στην μονάδα διδάσκουν εκπαιδευτικοί μόνιμοι και αναπληρωτές που επιλέγονται από ειδικό συμβούλιο του Υπουργείου Παιδείας με κριτήρια επιστημονικά, ψυχοπαιδαγωγικά και πνευματικά για να αντεπεξέρχονται με επιτυχία στο υψηλό έργο που καλούνται να ασκήσουν. Οι καθηγητές του σχολείου είναι άρτια καταρτισμένοι και με ιδιαίτερα αυξημένα διδακτικά προσόντα, όπως οι μεταπτυχιακές σπουδές.
Οι δύο μονάδες (Γυμνάσιο και Λύκειο) είναι αυτοτελείς, τελούν υπό ενιαία διεύθυνση και εκδίδουν τίτλους σπουδών που είναι ισότιμοι με εκείνους των άλλων ομολόγων σχολείων της Γενικής Εκπαίδευσης. Η κατεύθυνση που δύναται να ακολουθήσει ένας μαθητής Λυκείου είναι η Θεωρητική και η Τεχνολογική Κατεύθυνση. Αυτή τη στιγμή λειτουργεί μόνο η Θεωρητική Κατεύθυνση. Συμμετέχοντας στις Πανελλαδικές Εξετάσεις διεκδικεί να καταλάβει ισότιμα μια θέση στα ελληνικά Α.Ε.Ι. της χώρας. Λειτουργούν όλες οι κατευθύνσεις προσανατολισμού στα Γενικά Εκκλησιαστικά Λύκεια.
Το πρόγραμμα σπουδών του Εκκλησιαστικού Γυμνασίου και Λυκείου σε σχέση με τα ομόλογα σχολεία της Γενικής Εκπαίδευσης είναι εμπλουτισμένο με ειδικευμένα μαθήματα θρησκευτικής αγωγής προκειμένου οι μαθητές να γνωρίσουν καλύτερα και να εμβαθύνουν στην ουσία της χριστιανικής πίστης. Τα μαθήματα αυτά είναι ευχάριστα και εύκολα και εκτός από το πνευματικό όφελος, οι μαθητές αποκομίζουν και αντικειμενικό, διότι οι βαθμοί των θεολογικών μαθημάτων συμψηφίζονται με αυτούς των άλλων μαθημάτων και έτσι αυξάνεται ο γενικός βαθμός. Πολύ σημαντικό βέβαια είναι ότι οι μαθητές εμπλουτίζουν τους πνευματικούς τους ορίζοντες με βαθύτερο στόχο την ουσιαστική πραγμάτωση και εκδήλωση της αγάπης της χριστιανικής πίστης στην σημερινή κοινωνία είτε ακολουθήσουν την ιεροσύνη είτε σταδιοδρομώντας ως αξιόλογα μέλη της.
Δικαίωμα εγγραφής στο Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο και Γενικό Εκκλησιστικό Λύκειο Φλώρινας έχουν μαθητές και μαθήτριες κατά προτεραιότητα από τον Νομό Φλώρινας, αλλά και από την υπόλοιπη Ελλάδα, αφού προσκομίσουν το απολυτήριο του Δημοτικού ή του Γυμνασίου αντίστοιχα.
Η συνεργασία με την Εκκλησία και δη με τον επιχώριο μητροπολίτη κ. ΘΕΟΚΛΗΤΟ είναι αγαστή πνευματικά, υπηρεσιακά και σε όλους τους τομείς εφόσον ο επίσκοπος εκ του αξιώματός του είναι και ο πρόεδρος της Περιφερειακής Εκκλησιαστικής Εστίας σύμφωνα με τον νόμο περί Εκκλησιαστικής Εκπαίδευσης (Ν.3432/2006). Η Ιερή Μητρόπολη Φλωρίνης Πρεσπών & Εορδαίας εξασφαλίζει σε όσους μαθητές το επιθυμούν, στέγη και τροφή εντελώς δωρεάν, με την προϋπόθεση ότι αυτοί θα προάγονται στις επόμενες τάξεις.